A finales del año 2000 la JAC de Niza interpone la Acción Popular en el Tribunal de Cundinamarca.
El 27 de julio de 2001 el Tribunal de Cundinamarca falla a favor de la JAC de Niza, por haber demostrado que sí se violaban los derechos colectivos enunciados. Qué dice el fallo:
Protégese el derecho colectivo , en consecuencia se dispone:
«1.1. ORDENASE a la EMPRESA DE ACUEDUCTO Y ALCANTARILLADO DE BOGOTA, no iniciar las obras para la «Reahabilitación de las Zonas de Ronda y Zonas de Manejo y Preservación Ambiental del Humedal de Córdoba», así como para el «PIan para los diseños Hidráulicos del Sistema Córdoba- Juan Amarillo-Jaboque», hasta tanto no se obtenga la respectiva Licencia Ambiental para la ejecución de las obras por parte de la CAR y la debida aprobación del Manual de Manejo Ambiental, previos los conceptos favorables del Ministerio del Medio Ambiente, y la concertación necesaria de las Entidades y Organizaciones no Gubernamentales señaladas en la parte motiva de esta providencia.
La EAAB apela el fallo en primera instancia ante el Concejo de Estado el cual lo ratifica el 20 de septiembre de 2001.
Por incumplimiento al fallo, al tratar de iniciar las obras de cicloruta, la JAC de Niza interpone incidente de Desacato contra las EAAB en el Tribunal de Cundinamarca. La magistrada condena a la EAAB por desacato el 21 de marzo de 2003.
La EAAB apela el fallo por desacato ante el Concejo de Estado, sin embargo, este lo ratifica el 7 de mayo de 2003.
Con cuatro fallos en contra, se esperaba que la EAAB y las autoridades ambientales DAMA y CAR iniciaran el cumplimiento de lo ordenado por las altas cortes. No fue así, por al contrario, interpusieron dos tutelas, una para tumbar el fallo de la Acción Popular y la otra contra el fallo por Desacato. Este proceso terminó por definirse a finales del año 2004, declarando improcedentes las tutelas y dejando en firme el fallo, el cual tampoco pasó a revisión de la Corte Constitucional Colombiana.
Con el fallo en firme sólo hasta el año el año 2005 se dieron las condiciones necesarias para iniciar el cumplimiento del primer paso ordenado por la magistrada: concertar. Es así como el 12 de junio de 2005 la EAAB y la JAC de Niza inician el proceso de Concertación ordenado por el fallo. Para tal fin, la JAC de Niza Antigua conforma un equipo permanente de trabajo para concertar con la EAAB conformado por tres asesores externos y por tres miembros de la JAC: Luz María Gómez y Myriam Luján, vecinas de Pontevedra, Luis Jorge Vargas, Biólogo experto en humedales, Alfonso Ronderos, Presidente de la JAC, Liborio Sánchez, del Comité Ambiental y Mauricio Castaño, Coordinador del Comité Ambiental.
Después de 9 meses de trabajo, el 21 de abril de 2006 se firmó entre la EAAB y la JAC de Niza Antigua el Documento de Concertación, en el cual se definieron los lineamientos de intervención para el humedal de Córdoba respetando los derechos colectivos que amparó la Acción Popular.
Con base en el Documento de Concertación, la EAAB contrató la elaboración del Plan de Manejo Ambiental en el 2007 con el Instituto de Estudios Ambientales (IDEA) de la Universidad Nacional, cuya consultoría desconoció por completo el proceso jurídico y la Concertación con la EAAB. Después de cuatro versiones en borrador del Plan de Manejo Ambiental, en las cuales no se incluían explícitamente los lineamientos de intervención para el humedal concertados y al comprobar la falta de compromiso de la EAAB, a la JAC de Niza no le quedó otro camino que interponer un segundo Incidente de Desacato. En el transcurso del proceso, por recomendación de la Magistrada del Tribunal, Dra Amparo Oviedo Pinto, se abrió un espacio de dos semanas para realizar una mesa de trabajo con la EAAB y corregir, en equipo con la JAC de Niza Antigua, todos los vacíos que tenía el Plan de Manejo Ambiental. Se logró hacerlo y se firmó un acta de compromiso la cual se le envío a la Magistrada así como el retiro del Desacato por parte de la JAC de Niza. Esta fue la única forma de evitar que se perdieran todos los avances jurídicos y técnicos logrados hasta la fecha y redireccionar el cumplimiento del fallo.
Es así como, finalmente, se escribe la quinta versión del Plan de Manejo Ambiental para el humedal de Córdoba, en el cual se incluyen todos los lineamientos del Documento de Concertación y éste es enviado a la Secretaría de Ambiente a principios de 2008 para su aprobación, la cual se hace efectiva mediante la Resolución Nº 1504, del 20 de junio de 2008.
Con el Plan de Manejo Ambiental aprobado, la EAAB contrata a finales de 2008 cuatro frentes de obra en cumplimiento de lo Concertado: Caudal ecológico, 1ra fase de Dragados, 1ra fase del Cerramienro y Corrección de Conexiones Erradas (plan piloto barrio Niza Antigua).