El desarrollo de la ciudad terminó por desconectar al humedal de Córdoba del sistema de quebradas provenientes de los cerros orientales que lo alimentaban constantemente. Son más de 20 nacimientos que actualmente confluyen al sistema de canales contaminados y se pierden entre las aguas servidas que por ellos corre. Esta situación y los jarillones en tierra que separan al humedal de los canales generan déficit hídrico, especialmente, en época de verano lo cual, sumado a la contaminación aceleran el problema de sedimentación y colmatación de la zona pantanosa. El humedal depende de los períodos de lluvia para mantener su régimen hídrico e, irónicamente, de los colectores pluviales contaminados por conexiones erradas que le llegan de los barrios vecinos.
Así era el sector dos en el año 2006, muy sedimentado y con poca agua entre las plantas.
La misma zona de las fotos anteriores, en el sector dos ya recuperado, trece años después.
De allí la importancia de proveer un caudal ecológico que ayude a potenciar las zonas mejor preservadas y garantice un suministro de agua de buena calidad durante todo el año. Este objetivo se logró consolidar y ejecutar con el Documento de Concertación derivado de la Acción Popular Nº 00254.
El déficit hídrico del cual ha sufrido el humedal por décadas, ha presentado una importante disminución en los últimos catorce años. Por ejemplo en el sector dos, gracias a las obras de recuperación de hábitat acuático terminadas a finales del año 2015, se retiraron 22.000 toneladas de sedimentos en alrededor de 1.5 hectáreas que ahora son espejo de agua y que al sumarse a las que ya habían, hicieron de está zona la que mayor volumen de agua almacena y en la que, además, por efecto del agua del caudal ecológico, en veranos fuertes nunca se seca.
En el sector tres aunque no es tan fuerte el cambio, si es muy diferente su situación a la registrada entre los años 2000 y 2009 cuando sólo habían pequeños espejos meándricos de agua, que fluctuaban en su tamaño según fuera verano o invierno. Hoy después de la primera fase de recuperación de hábitat acuático hay un espejo permanente desde el año 2010 a la altura del Club Choquenzá. A lo anterior se suma que por efecto de la llegada del agua limpia que trae el sistema de conducción del caudal ecológico, entre la avenida Suba y la carrera 70 G se consolidó un gran espejo de agua permanente al cual llegan cada año cientos de patos migratorios por tanto, a lo largo de todo el año, siempre hay aves acuáticas. Se ha secado un par de veces en veranos muy fuertes que coinciden que la interrupción del flujo de agua del caudal ecológico, hecho que demuestra su fragilidad por cuanto tiene poca profundidad y todavía recibe aguas servidas a través de tres colectores pluviales provenientes del barrio Niza Antigua.
En el sector uno no ha mejorado el deficit hídrico porque sigue dependiendo del agua que ingresa en época invernal, esta situación puede mejorar con el proyecto de recuperación de hábitat acuático diseñado en el año 2015 y que esta pendiente de presupuesto para ser ejecutado por la EAB.
