Este fue el lineamiento más difícil de lograr, debido a la oposición de la EAAB y la Secretaria de Ambiente para que fuera incluído en el Documento de Concertación. Argumentaban que no causaba ningún efecto positivo y que era muy costoso. Al final, se logró concertar como un lineamiento de alta prioridad y las obras para hacerlo realidad comenzaron al tiempo con los dragados, con el mismo contratista.
El Caudal Ecológico consistió en traer agua de buena calidad de la quebrada Santa Bárbara, la cual nace en el cerro la Aguadora y tiene un caudal constante todo el año de 10 lt. por segundo. No tiene contaminación y su cuenca esta muy protegida. Lo que se busca es llevarle al humedal esta agua (3 lt. por segundo) a sus dos zonas fuente (sector 2 y sector 3) para potenciar allí la biodiversidad y la calidad del ecosistema de tal forma que lo que allí suceda enriquezca el resto del humedal.
Su función es la de suplir parte del deficit hídrico que posee el humedal por su desconexión con su cuenca aferente (quebradas), dado que lo que necesitan los humedales de la Sabana de Bogotá para que podamos seguir contando con ellos y su riqueza natural, es AGUA LIMPIA.
Desde su ingreso, el 18 de marzo de 2010, su impacto positivo ha sido evidente. En las zonas donde ingresa directamente se han descompuesto los lodos no consolidados y se alcanza a observar el fondo gredoso; ha aumentado la presencia de invertebrados acuáticos como pulgas de agua, chinche barquera, escrabajos, camarones, entre otros; ha permitido la germinación de parte del banco de semillas correspondiente a plantas acuáticas nativas que posee guardadas en su interior, esperando tiempos mejores; ha facilitado la descomposición de lodos no consolidados aguas abajo facilitando el aumento en tamaño de los espejos de agua; el habitat para las especies que lo habitan ha mejorado de manera significativa y, por supuesto, le ha devuelto la belleza perdida por la contaminación.
El agua limpia que ha ingresado tanto al sector dos como al tres del humedal, ha potenciado la vida al mejorar las condiciones ecológicas para las aves, anfibios, invertebrados acuáticos y plantas, a tal punto que desde el año 2016 está confirmada la presencia de peces. Se realizó registro de Guapuchas (Poecilia reticulata) y Carpa (Cyprinus carpio) en los dos sectores y el Gold fish (Carassius auratus) en el sector dos, que a su vez están atrayendo a las aves que se alimentan de ellos como la Garza Real (Ardea alba) y el Pato Zambullidor (Podylimbus podiceps). La baja temperatura y la presencia de mucho oxígeno disuelto en el agua que llega desde la quebrada Santa Barbara, han marcado la diferencia y con ello mejorado las condiciones de hábitat, a pesar de continuar ingresando aguas servidas a los espejos de agua (colectores pluviales con conexiones erradas).
El sector dos pasó de tener un espejo de agua que fluctuaba según la etapa invernal y de verano, a tener espejo de agua permanente en por lo menos el 90% de su zona de inundación. En el sector tres, los pequeños espejos de agua que iban y venían, ahora conforman un enorme espejo de agua, poco profundo, pero también permanente, en donde todo el año las aves acuáticas cuentan con el hábitat que necesitan para sobrevivir.
La llegada del pato Turrio al sector dos, es el mas importante indicador en la mejoría del ecosistema, atraídos por el gran espejo de agua, primero fueron dos individuos, luego entre cuatro y cinco, a lo largo del año 2017 se han contado más de treinta individuos. Cada año se ha registrado la reproducción de nuevos individuos. En el sector tres habitan dos individuos en el espejo del dragado, fase uno, a la altura del Club Choquenzá.
