La primera fase de dragados (reconformación hidrogeomorfológica) que se realizó en el humedal tuvo por objeto retirar sedimentos, basuras y crear nuevos espejos de agua, así mismo, crear islas que sirvieran de refugio para la fauna. Para esta fase, se escogió el sector tres en su parte occidental en donde termina el humedal, a la altura de la Av. Boyacá, área que limita con el Club Choquenzá y el barrio Pontevedra.
Para la ejecución de esta obra que inició en junio de 2009 y se terminó en el 2010. Se respetó por completo el bosque y la vegetación de litoral para causar el mínimo impacto, tal y como quedó consignado en el Documento de Concertación, el contratista sólo ha tenido un punto de acceso para la maquinaria.
Están proyectadas otras seis fases de dragado en el humedal en intervalos de mínimo seis meses, para lograr la recuperación de las áreas ya intervenidas y causar un impacto moderado. Esto quiere decir que hacen falta varios años de veeduría y seguimiento al cumplimiento de este lineamiento para que se haga de la manera más coherente con lo concertado.
En el año 2014 fue terminada la segunda fase de dragado, proyecto contratado desde el año 2011, y que fue ejecutada en la parte baja del sector 2, a partir de la avenida Suba. Se realizó con los mismos criterios definidos en el lineamiento Nº 3.1 del Documento de Concertación, y que se aplicaron en la fase 1.
El resultado de ambas fases de creación de hábitat acuático han sido de gran importancia para la recuperación ecológica del humedal, aumentó el área efectiva de espejo de agua lo cual, sumado al efecto positivo del caudal ecológico, potenció el aumento de la fauna acuática en número de especies y de individuos por especie. La llegada del Pato Turrio (Oxyura jamaicensis) al sector dos, en el año 2010 y el aumento en el registro de patos Barraquetes (Spatula discors), que pasó de entre 90 y 115 a entre 300 y 400 en los dos últimos tres años, es un ejemplo de ello.
En ambos procesos se respetó el bosque protector y la vegetación de litoral existentes, además, se sembró Junco redondo (Schoenoplectus californicus) y otras especies acuáticas y nativas de bosque, aumentando con ello la oferta de hábitat para la fauna, así como su protección.
Está pendiente la fase tres, la cual se diseñó en el año 2015 con recursos del IDIGER, proyecto que debido al cambio de administración fue detenido para su revisión en la Gerencia Ambiental de la EAB y en busca de presupuesto para su contratación. En el año 2019, en diciembre, fue contratado este proyecto, sin embargo, por no haber tenido en cuanta los diseños concertados y la experiencia de las dos fases previas, el contratista ha debido ajustar los diseños; más la crisis que generó el covid 19 y sumado a la demora de la Secretaria Distrital de Ambiente para entregar el permiso correspondiente, el inicio de esta intervención ha tomado más tiempo del deseado.