La mayor riqueza del humedal de Córdoba son sus aves, cuenta con un registro de más de 140 especies 33 de las cuales son migratorias boreales y 2 son australes; el resto son residentes de la zona Andina y aves que se desplazan por diferentes climas y ecosistemas en el territorio colombiano, como el caso de la Tingua azul, los Pisingos, el Ibis, el Bichofue, entre oras. Cuenta con cuatro especies endémicas: Synalaxis subpudica, conirrostrum rufum, Oxyura jamaicensis y Agelaius icterocephalus.
Entre las especies de aves registradas hay gavilanes, búhos, pericos, cardenales, atrapamoscas, garzas, patos, tinguas, pájaros carpinteros, reinitas, mirlas, semilleros, tangaras, entre otras. Su presencia determina la existencia de una cadena alimenticia completa, que parte desde los pequeños invertebrados hasta depredadores como las aves rapaces.
La avifauna se ha convertido en un importante atractor para los visitantes, así como para los aficionados y expertos en la observación de estos seres alados, en especial, porque muchas de las especies que habitan el humedal de Córdoba y en general en los humedales, son fáciles de apreciar. Así sucede con la mayoría de las aves acuáticas, las cuales siempre están en los espejos de agua buscando alimento, descansando o defendiendo su territorio, sólo se requiere un buen mirador para observarlas en su hábitat natural y fotografiarlas. Con las aves terrestres es más compleja su observación, porque se encuentran inmersas en el follaje de los árboles y arbustos y casi siempre en constante movimiento.
En el humedal de Córdoba existe un proceso de censo y registro de aves por parte de la Asociación Bogotana de Ornitología (ABO), desde el año 1996, que da cuenta del aumento de especies y de individuos por especie. Este registro ha sido enriquecido por vecinos y visitantes que se han dedicado también a su observación y participan en los conteos de aves que organiza la ABO en cuatro momentos del año. Los datos obtenidos han permitido consolidar estadísticas no sólo en Córdoba sino en la mayoría de los humedales de la Sabana de Bogotá. Se ha consolidado en este humedal un grupo de observadores de aves que constantemente registran la llegada de la migración, su estadía y su partida; la llegada de nuevas especies; los comportamientos y hábitos de las residentes, entre otros aspectos. Además, la fotografía digital se ha convertido en una herramienta de gran apoyo para consolidar registros dudosos, los cuales, a veces, por medio de los binóculos no es posible verificar. Razón por la cual hay a disposición una gran variedad de fotografías de la avifauna de este ecosistema que consolida el conocimiento sobre este patrimonio natural, el cual se disfruta en todo momento.
Las aves rapaces como Búhos y Gavilanes son un referente de la cima de la cadena alimenticia y su presencia es siempre imponente pero armoniosa con su entorno. Cuatro especies de Búhos, más de cinco de gavilanes y una de águila es posible observar a lo largo del año. Encuentran en el bosque y zona acuática el alimento que necesitan, Curíes, ratas, ratones, aves más pequeñas, culebras, peces, insectos, entre otros.
La familia más numerosa de aves es la Tyrannidae, que corresponde a las atrapamoscas, se trata de aves que basan su dieta alimenticia en la caza de insectos, los cuales por lo general atrapan al vuelo o en el follaje de la vegetación. El humedal de Córdoba tiene un registro de 16 especies de aves atrapamoscas.
Las aves acuáticas son por su tamaño, vistosidad, elegancia, dinamismo y fácil observación las que causan un fuerte magnetismo, además casi siempre están en grupos pequeños o numerosos, moviéndose en los espejos de agua y orillas lodosas. Por lo general es posible encontrar a varias especies mezcladas en su actividad diaria, buscando alimento o en reproducción.
Varias de las familias registradas, corresponden a aves pequeñas de bosque, que en su mayoría son de difícil observación para quien no esta familiarizado con su forma y sus hábitos, son especies que se mueven constantemente, algunas no hacen ruido, otras son esquivas, o su plumaje se mimetiza con el entorno y se hacen casi invisibles. Entre ellas se encuentran las reinitas migratorias y residentes, el carpintero, el Chamicero, azulejos y verdecejos, chizgas, colibries, cardenales, pinchaflores, el chotabras, cucos, entre otras.
El humedal, también, cuenta con la familia Icteridae, de la cual hacen parte los turpiales, aves muy vistosas y sonoras, que con su canto alegran el humedal y su entorno urbano ya que llegan a los jardines bien arborizados de los barrios vecinos. Hay un registro de siete especies de icteridos, tres de ellos corresponden a turpiales de tonos amarillo intenso, con negro o naranja, las cuales son de fácil avistamiento por su comportamiento. La monjita de pantano o turpial de laguna, es la representante del hábitat acuático y casi un símbolo de los humedales de la Sabana de Bogotá. Está el Chamón, no tan vistoso aunque sí llamativo; una especie de turpial migratorio, no es muy frecuente verlo. Y hasta hace unos años existió una población representativa de arrendajos (Cacique cela), posiblemente escapada del cautiverio, la cual se adaptó al ecosistema y se reprodujo, ya no están en el humedal.
A lo largo de veinticuatro años de registros, han llegado muchas especies que no son originarias de está región muchas de ellas, posiblemente, se fugaron de sus jaulas y otras fueron liberadas. Por ejemplo desde hace cuatro años habita en el humedal una especie de Tucán (Pichí, Pteroglossus castanotis) de la región de la Amazonía, el cual ha logrado sobrevivir con lo que el humedal le ha proporcionado y porque ha logrado adaptarse a las bajas temperaturas. Desde el año 1999 se registró por casi tres años una pareja de Carriquis (Cyanocorax affinis), que al tiempo tuvieron cría y se fueron del humedal. Han llegado turpiales guajiros (Icterus icterus), el Cardenal guajiro (Cardinalis phoeniciusn), loros de zona cálida, en 2016 por algunos meses estuvo una oropéndola Chocoana, entre otros.
El cambio climático ha permitido que especies de zonas cálidas hagan parte de la avifauna del humedal, como el Alcaravan, el Ibis coquito, el azulejo, el Cirirí, el Bichofue y el Chamón. También se registra migración de especies dentro del territorio nacional especialmente desde los llanos orientales y el valle del Magdalena, con especies como el Piscingo (Dendrocygna autumnalis), la Tingua azul (Porphyrio martinicus), el Martín pescador (Megaceryble torquata), el Colimbo selvático americano (Heliornis fulica) en el año 2007 y la Jacana.
Los humedales de la Sabana de Bogotá, incluidos los inmersos en la malla urbana de Bogotá, son un imán que atrae la vida silvestre, sólo se necesita que tengan buenas condiciones de conservación y suficiente tranquilidad.