Con el proyecto Arte por el Humedal se logró realizar un registro importante de estas comunidades de las cuales no había información, sin embargo, ésta no alcanza a dar cuenta de toda la variedad que habita en el humedal de Córdoba aunque identifica las principales especies que se pueden encontrar.
Los invertebrados acuáticos son la base alimenticia de muchas especies de aves y sin ellos no sería posible su supervivencia. La mayoría depende de la buena calidad del agua y, por ello, se encuentran confinados en los sectores mejor conservados y con vegetación de litoral abundante. Con los invertebrados terrestres sucede lo mismo, con la diferencia que su cantidad en número de especies, es mucho mayor por la grande y diversa masa vegetal que tienen a su disposición.
Las especies de crustáceos que habitan el humedal son las más importantes como parte de la base alimenticia de muchas especies de aves acuáticas, los cuales han aumentado su población con la llegada del agua limpia del caudal ecológico. En el humedal de Córdoba hay dos especies representativas de este grupo, están las pulgas de agua de la familia Daphnidae y los camarones de agua dulce de la familia Hyalellidae. Se trata de pequeños invertebrados, de pocos milímetros, los cuales requieren de agua de buena calidad, es decir libre de contaminantes y con mucho oxígeno disuelto, condición que les permite sobrevivir con mayor facilidad y colonizar mayores áreas en la zona inundable.
Esta confirmada la presencia de diferentes especies de invertebrados acuáticos como Escarabajos, Chinches, Tubifex (pequeñas lombrices), larvas de libélula y zancudo, Copepodos, Sanguijuelas, Planarias, Ostracodos (ostras diminutas), Hydras, Cyclops, entre otros. La zona litoral, los espejos de agua poco profundos y los juncales son las zonas preferidas de este tipo de fauna, allí siempre es posible registrarlos. Entre más baja la temperatura del agua y mayor oxígeno disuelto tenga el agua, mayor cantidad de especies se logra encontrar, en especial, los crustáceos.
Por otro lado, en el hábitat terrestre, a medida que el bosque protector a crecido, que las zonas litorales se han consolidado y en general que el proceso de renaturalización a avanzado, los invertebrados terrestres cada vez son más variados. Se puede observar una gran cantidad de mariposas y polillas de diversas formas y colores, escarabajos de diversos tamaños, chinches, chupasavia, aragnidos, libélulas, varios tipos de lombriz, platelmintos, pulgones, abejas, abejorros, avispas, mosquitos, entre muchos otros. En los últimos años han aparecido dos tipos de insecto poco comunes en el perímetro urbano, el insecto palo, ya registrado en varias oportunidades y una especie de grillo que se desplaza desde zonas más cálidas, incluso ha parecido en las casas vecinas al humedal.
Toda esta diversidad de pequeños seres vivos, son los que precisamente sustentan la existencia de muchas de las especies de aves con que cuenta el humedal, porque hacen parte de su dieta y están a su disposición en todo momento. Por otra parte los invertebrados, tanto acuáticos como terrestres, pueden permanecer en el humedal gracias a los hábitat que ha conformado la vegetación que se ha consolidado en las franjas litorales, cuerpo de agua y en la zona terrestre, la cual en la medida que se ha hecho más heterogénea y abundante facilita su supervivencia.
