El humedal cuenta con un registro del año 2002 (realizado por Ana Guzman) de 28 especies de plantas acuáticas entre macrofitas emergentes y flotantes, las cuales son el hábitat de las aves acuáticas, anfibios e invertebrados acuáticos. Sin embargo, el número de especies ha aumentado con la recuperación paulatina del ecosistema y su hábitat acuático, gracias e la intervención de la Empresa de Acueducto en cumplimiento del fallo de acción popular 0254, ya que en la medida en que los proyectos han respetado en su dos fases, lo estipulado en la concertación, los resultados obtenidos han sido los mejores. Si a lo anterior se le suma el efecto positivo del agua limpia que trae el caudal ecológico desde la quebrada Santa Barbara, la situación no podría ser mejor. Los proyectos en mención han aumentado el área de espejo de agua mediante el retiro de lodos y manteniendo un talud con una pendiente suave, y se han conformado islas. Al final estas acciones se complementaron con la siembra de Junco redondo (Schoenoplectus californicus), Junco bogotano (Juncus efusus), Cortadera y Sombrillita de pantano. También se rescataron las plantas acuáticas de importancia antes de iniciar las obras.
Con la llegada del caudal ecológico, se observó como el banco de semillas se activó y comenzaron a aparecer plantas que ya habían desparecido del humedal como la Begonia de pantano (Begonia ficherii), el Berro (Cardamine bonariensis), la Hierba de cabra (Erechtites valerianifolius), la Vervena de campo (Verbena litoralis) y el Bejuquillo (Cuscuta indecora) entre otras que se han manifestado en diferentes zonas del humedal.
La siembra del Junco redondo en los dos proyectos de recuperación de hábitat acuático fases 1 y 2, el cual sólo existía en el sector 3, introducido en el año 2002 por acción de miembros del Comité Ambiental de la JAC de Niza Antigua, en tres parches diferentes, se ha convertido en uno de los hábitat más importantes del humedal. En el sector dos ha permitido el aumento en la población de la Monjita de Pantano (Chrysomus icterocephalus bogotensis) y la población de Pato Turrio (Oxyura jamaicensis) ahora vive entre sus largos tallos. Los patos Barraquetes también prefieren estar en donde se encuentre ésta especie, aunque en el sector tres, en el sector del barrio Niza en donde existe un inmenso parche de Papyro, junco Asiático, cientos de aves de esta especie pasan todo el periodo de migración aprovechando la protección que les ofrece y el efecto de purificación sobre el agua, que allí es contaminada por tres colectores pluviales que reciben conexiones erradas.
La zona litoral del humedal a lo largo de todo su perímetro, la cual no puede ser intervenida según el Documento de Concertación, está conformada por una gran variedad de parches de plantas acuáticas enraizadas y algunas flotantes, que en combinación con la vegetación de bosque ofrecen un ecotono de transición de vital importancia para la fauna acuática y terrestre.
