Casi el 100% del perímetro del humedal se encuentra densamente arborizado con una franja conformada por vegetación de litoral (arbustos y plantas acuáticas), bosque conformado por árboles adultos de más de 40 años (Urapanes, eucaliptos y pinos) y un bosque nuevo conformado por miles de árboles, de especies nativas como Arboloco, Mano de oso, Yarumo, Aliso, Cedro, Roble, Trompeto, Cajeto, Magle, Garrocho, Tibar, Gaque, Raque, Duraznillo, entre muchos otros, sembrados a lo largo de ocho años entre 1996 y 2002, por gestión de los vecinos comprometidos con la protección del humedal. Este bosque protector es, sin duda, la mayor fortaleza del humedal de Córdoba porque se constituye en una barrera física que protege el ecosistema del impacto negativo que ejerce la ciudad y, en especial, por la diversidad de hábitat y de alimento que proporciona a la fauna. Conforma, además, un espacio natural con carácter silvestre en medio de la masa gris de Bogotá, capaz de atraer visitantes amantes de la naturaleza, quienes encuentran allí la posibilidad de recrear la vista y los sentidos entre sus verdes matices y la diversidad de su paisaje al caminar por sus senderos ecológicos.
Desde hace ocho años, como resultado de la consolidación de la estructura del bosque y el enriquecimiento del suelo en la ronda, se ha observado un proceso de regeneración espontánea por parte de muchas especies nativas. Es decir las semillas de éstos árboles están germinando para dar lugar a nuevos individuos. Las especies que presentan esta particularidad son: Cajeto, Nogal, Tomatillo, Tachuelo, Raque, Cedrillo, Mano de oso, Chicalá, Sangregao, Nacedero, Arrayán sabanero, Cerezo, Trompeto, Roble, Tinto, Cucharo, Arboloco, Chilco Negro, y Cordoncillo.
A través de varios procesos de adminitración desarrollados en el humedal de Córdoba, se han realizado nuevas siembras de árboles nativos en zonas que estaban desprovistas de vegetación. Una de ellas gestionada con el Jardín Botánico, en el año 2010, con 300 árboles en una de las zonas de sesión aledañas al humedal en el barrio San Nicolás. Otra, en el sector dos, cerca de la sede de la administración junto con el colegio Helvetia y vecinos. En el año 2016 a través de la administración del humedal se sembraron más árboles nativos en el sector de Pontevedra y San Nicolás, muchos de los cuales fueron adoptados por estudiantes de colegios cercanos y otros por vecinos. Otro grupo de árboles fueron sembrados en esta oportunidad en el sector dos en algunos espacios libres que aún quedaban y una zona en donde se realizó el control de la enredadera Juana Macana.
También se hizo una siembra en el sector uno, en el año 2010, al costado oriental por parte de la Alcaldía Local de Suba y otra en la ronda del canal Córdoba junto al humedal. En la zona de sesión aledaña al humedal en el barrio Pontevedra, en mayo de 2012, el Jardín Botánico por gestión de la JAC de Pontevedra, sembró varios árboles para reponer la perdida de varios individuos de porte alto, talados durante el año 2011.
La construcción del sendero elevado en el sector dos por parte de la EAB en el año 2014, estuvo acompañada de la siembra de 600 árboles nativos, aunque fue una plantación mal planificada y ejecutada, igual se conformó un bosque nativo muy variado y tupido en la zona de lagos de Córdoba llegando al parque del proyecto urbanístico de MARVAL.
Los dos proyectos de recuperación de hábitat acuático (dragados en 2010 y 2014), en su etapa final tuvieron un componente florístico consistente en la siembra de árboles y arbustos nativos en la zona litoral e islas, como Aliso, Gurrubo, Arboloco y Tomatillo.
En conjunto, todos estos árboles aportados por los vecinos y las entidades públicas referidas, así como los que vienen apareciendo por regeneración espontánea, por efecto de la acción de las aves, el viento o las semillas que caen de los árboles, han consolidado el inmenso bosque protector en el que ahora predominan las especies nativas. Barrera viva que fortalece la protección del humedal y mejora la oferta de hábitat natural para la fauna.
