A pesar de la contaminación el humedal hoy cuenta con importantes espejos de agua aislados de la presencia humana, en donde la fauna acuática tiene la posibilidad de habitar y reproducirse. Muchos de estos espejos están ubicados en las dos zonas fuente del humedal, protegidos por el bosque y con agua de mejor calidad. Allí se encuentra la flora y fauna más representativa del humedal y es donde, usualmente, se pueden observar las aves acuáticas migratorias y residentes.
En el año 2003 la situación de los espejos de agua en el humedal era crítica, el área total era muy reducida y consistía en pequeños meandros y espejos sinuosos, muchos de ellos se cerraban en los veranos y, en invierno, reaparecián ampliando su tamaño. Sin embargo, desde el año 2005 cuando comenzaron a registrarse fuertes temporadas inviernales, muchos de estos espejos, especialmente los de la zona fuente, comenzaron a aumentar su tamaño con mayor fuerza, logrando mantener por más tiempo su columna de agua.
La situación mejoró notablemente desde marzo de 2010 cuando el caudal ecológico llegó directamente a sus zonas fuente, sumado a los fuertes inviernos que se presentaron en el humedal y su cuenca aferente, dando como resultado que, a partir de diciembre de 2011, en los sectores 2 y 3, el ecosistema tiene dos inmensos espejos de agua que cubren la mayor parte de su zona inundable. Nuestra hipótesis consiste en que el oxígeno disuelto que ha traído el agua de buena calidad proveniente del caudal ecológico, logró acelerar la descomposición de gran parte de los lodos no consolidados y al llegar el invierno, con sus pulsos de agua provenientes de los colectores pluviales y cuenca aferente, arrastró grandes masas de materia y vegetación abriendo, con ello, el espacio que el agua actualmente ocupa. Hoy en día las zonas fuentes 2 y 3 continúan siendo alimentadas por el agua cristalina de la quebrada Santa Bárbara.
Las dos fases de recuperación de hábitat acuático (Reconformación hidrogeomorfológica) desarrolladas por la EAB en los sectores dos (2014) y tres, en los años (2009) en cumplimiento del lineamiento 3 del Documento de Concertación derivado del fallo de acción popular, han generado un cambio notable en el ecosistema. Con el aumento del área efectiva de espejo de agua, lo cual sumado al efecto positivo del caudal ecológico, se potenció la diversidad de la fauna acuática en número de especies y de individuos por especie. La llegada del Pato Turrio (Oxyura jamaicensis) al sector dos, en el año 2010 y el aumento en el registro de patos Barraquetes, que pasó de entre 90 y 115 a entre 300 y 400 en los dos últimos tres años, es un ejemplo de esto.
En ambos procesos se respetó el bosque protector y la vegetación de litoral existentes, además, se sembró Junco redondo (Schoenoplectus californicus) y otras especies acuáticas y nativas de bosque, aumentando con ello la oferta de hábitat para la fauna, así como su protección.
En comparación con la situación encontrada en el año de 1998, cuando el área de espejo de agua se limitaba a unos pequeños espacios que se reducían por efecto de la contaminación en invierno y crecían un poco con las lluvias de invierno, hoy la situación es la opuesta. Un gran porcentaje de la zona pantanosa del humedal esta cubierta por espejo de agua durante todo el año lo cual permite que las aves acuáticas residentes cuenten con el hábitat que necesitan para alimentarse, refugiarse y reproducirse y las migratorias la oportunidad de estar allí mientras pasa el invierno del norte, así como la oportunidad para que los visitantes del humedal las puedan observar en todo momento. Esta realidad es más evidente en el sector dos en donde los espejos de agua ocupan por lo menos el 90% de esta zona.
