Por sus condiciones naturales, su estado de conservación y la protección ejercida por muchos de sus vecinos, el humedal de Córdoba posee una importante riqueza en fauna y flora, especialmente, representada en su avifauna. Cuenta con un registro histórico de más de 140 especies y 31 familias de aves, realizado por la Asociación Bogotana de Ornitología desde hace más de 21 años, así como, por el Comité Ambiental de la JAC de Niza, durante 12 años.
El humedal, también, cuenta con roedores como el ratón, la rata y el Curí (Cavia anolaimae); dos tipos de anfibios, La rana sabanera (Hyla labialis) y la rana campana (Hyloxalus subpunctatus); dos reptiles, la culebra sabanera (Atractus crassicaudatus), y lagartija Bogotana (Anadia bogotensis); y la presencia de dos especies de murciélago. Así mismo, cuenta con una gran diversidad de invertebrados acuáticos y terrestres que hacen parte de la dieta de muchas especies de aves.
En la medida que las condiciones ambientales sigan mejorando como hasta el momento, como la calidad del agua, la oferta de hábitat nativo, la provisión de frutos, semillas, flores, entre otros, la población de la fauna podrá aumentar en especies, así como en individuos por cada una.
Desde el año 2016 se registraron peces por primera vez en el humedal, de la especie Guppy.