El principal problema del humedal de Córdoba ha sido y, más grave aún, sigue siendo generado por los vertimientos de aguas servidas a través de sus colectores pluviales, los cuales presentan conexiones erradas de viviendas que han realizado ampliaciones mal planificadas. Por otra parte, la cuenca aferente conformada por los canales Córdoba, Callejas, Molinos y Contador son utilizados por la EAAB como parte del sistema de alcantarillado de la ciudad, movilizando por su cauce aguas servidas provenientes de conexiones erradas de viviendas, industria mediana, talleres, entre otros, las cuales le aportan metales pesados como arsénico, mercurio, cadmio, talio, plomo entre otros; el plomo daña la hemoglobina de la sangre, el sistema nervioso y otros sistemas. El cadmio daña el riñón y el pulmón. El mercurio provoca malformación congénita.
La contaminación del agua afecta la vida y no permite la presencia de muchas especies de fauna y flora que, de tenerlas, aumentarían el potencial ecosistémico del humedal, como es el caso de los peces e invertebrados acuáticos, también, plantas subacuáticas y de litoral que requieren de mejores condiciones para sobrevivir. Los sedimentos presentes en el agua se depositan, poco a poco, en el cause del humedal, año tras año y finalmente lo colmatan perdiendo con esto los espejos de agua.
El agua de los canales que ingresan al humedal ésta muy contaminada y por fortuna no ingresa al humedal, dado el control que ejercen los jarillones que separan sus aguas de las zonas fuentes, a menos que una fuerte lluvia suba el nivel y los sobrepase.
La salud humana también se ve afectada por la presencia de aguas servidas, debido a los malos olores y los vectores que se desplazan por el aire como hongos, bacterias, virus, entre otros. Se trata de un problema de salud pública que afecta la vida a todo nivel y que requiere de acciones serias y coherentes.
La llegada del Caudal Ecológico y la primera fase de corrección de conexiones erradas (plan piloto barrio Niza Antigua), mejoraron notablemente su calidad, en la zona inundable. Por otro lado, la calidad del agua de las quebradas Córdoba, Molinos, Callejas y Córdoba sigue siendo pésima, incluso ha aumentado la contaminación por conexiones erradas.