Por estar rodeado de ciudad, el humedal de Córdoba se ve afectado por diferentes factores urbanos como el impacto lumínico, el cual en las noches afecta, por ejemplo, la vida de las aves nocturnas y el sueño de las demás. El ruido de las avenidas que sobrepasa los 50 decibeles, es un efecto negativo constante, mitigado sólo por la densa vegetación, sin embargo, igual sigue allí. Así mismo, la presencia de personas en los barrios vecinos y en su ronda generan un impacto que afecta la actividad natural de la fauna y a la vegetación en la medida en que se genera pisoteo o daño a los árboles, más el ruido que se genera por música, alarmas, voces, etc. Las avenidas y calles asfaltadas generan lixiviados que son arrastrados por la lluvia y llegan al humedal. Perros y gatos callejeros ingresan en busca de alimento y cazan la fauna silvestre que allí encuentran. Todos estos impactos, sumados, afectan negativamente el humedal, por eso la importancia de mantener del bosque protector, la vegetación de litoral y consolidar el cerramiento perímetral del humedal con entradas controladas.
