La falta de cultura de parte de muchos de los bogotanos que todavía arrojan la basura a las calles, zonas verdes y canales pluviales, sumado a quienes continúan contratando personas para deshacerse de escombros, genera una compleja problemática en el humedal de Córdoba relacionada con los sólidos que terminan siendo arrastrados por las lluvias a través de los sumideros y canales hasta él. Si bien la mayoría no ingresa al cuerpo de agua del humedal gracias al jarillón y a la vegetación, si contaminan en gran medida los canales pluviales que lo bordean. En aguaceros fuertes una pequeña, pero significativa porción, logra superar esta barrera e ingresa a los juncales y espejos de agua, afectando principalmente a las aves acuáticas.
Son toneladas de plásticos, icopor, vidrio, residuos orgánicos, llantas, muebles, etc, los que bajan a diario por los canales y siguen su curso hasta el humedal de Tibabuyes y, claro, al río Bogotá. La parte que es atrapada por la vegetación, presente en los canales, debe ser retirada mes a mes por la administración y la que logra ingresar al humedal, se retira manualmente en jornadas de aseo hechas por vecinos voluntarios.
El tema de los sólidos flotantes que llegan al humedal a través de la microcuenca, los canales Molinos, Callejas, Córdoba y Contador, es cada vez dramática. A medida que ha crecido la ciudad hacia el norte se ha evidenciado como han aumentado los residuos que son arrojados al sistema y así mismo la cantidad y la fuerza del agua lluvia que llega con los inviernos. En consecuencia el agua de los canales sobrepasa los jarillones con mayor facilidad y mucha basura queda atrapada en la vegetación del humedal o ingresa a sus espejos de agua. El equipo de la administración del humedal, contratado desde el año 2007, dedica gran parte del presupuesto asignado a recogerla, desde entonces cada año han sido retiradas toneladas de residuos sólidos gruesos, en su mayoría material que pudo haber sido recuperado en la fuente y reciclado (plástico, vidrio, metal, icopor, papel, etc). Materia prima que por falta de cultura ambiental y de gestión estatal, ahora solo contamina, y hacen perder tiempo y dinero a la administración pública.
