Por décadas el sistema de canales y quebradas que hacen parte de la micro cuenca del humedal, por donde sólo debería correr agua lluvia, ha recibido una gran carga de contaminación por cuenta de aguas residuales (residenciales y semi industriales), como consecuencia, al interior del humedal, su cauce esta muy sedimentado.
Cuando se firmó el documento de Concertación en el año 2006, con la Empresa de Acueducto de Bogotá-EAB, en el marco de la acción popular 0254, uno de los compromisos consignados fue el de mejorar la calidad del agua del sistema hídrico con confluye por su cuenca. Después de 12 años esta condición al contrario de mejorar a empeorado
Cada vez hay más conexiones erradas con aguas servidas a este sistema pluvial, sin control de parte de la EAB y de la Secretaría Distrital de Ambiente-SDA, en su mayoría por cuenta de nuevos proyectos de urbanismo en altura a los cuales se les otorga la viabilidad de servicios públicos, sin que más adelante se confirme si se conectaron al sistema de alcantarillado sanitario.
Como resultado, al interior del humedal, el cauce de los canales Molinos, Córdoba y Callejas, han perdido gran parte de su fondo y ancho, reduciendo con ello su capacidad de evacuar y almacenar el agua lluvia en inviernos fuertes, y generando situaciones de riesgo en algunas viviendas del barrio Niza Antigua, Malibú y Puente Largo.
Al no ser resuelta la causa de la contaminación del agua, desde la firma del acuerdo, ahora se requiere hacer una inversión millonaria para atacar el efecto, generando con ello una solución de corto plazo que por la alta carga de sedimentos del agua no va a durar mucho, es decir un paliativo. Sin embargo, dada la situación crítica de deposito de sedimentos y la pérdida de casi el 60% del cause en algunos tramos, se acordó hacer esta intervención con la premisa que ésta se debe adaptar a los lineamientos Concertados, porque son jurisprudencia para el humedal de Córdoba. Ya es evidente un incumplimiento por parte de la EAB con relación a la mejora en la calidad del agua, situación que, además, se enmarca en el fallo del río Bogotá .
Para ello se realizó un recorrido el 6 de febrero de 2018 con la EAB, la SDA y el equipo de veeduría del humedal de Córdoba (conformado por vecinos), con el fin de determinar el cómo y en dónde realizar el retiro de sedimentos, de tal forma que se genere el mínimo impacto a su flora y fauna. Como primera medida, Aguas de Bogotá, el encargado de la obra, utilizará una máquina pequeña y flotante, dotada de un sistema de succión y una pala mecánica. El sedimento será depositado en una bolsa plástica de gran tamaño (tecnología Alemana) ubicada en dos sitios ya determinados, en la que los lodos se deshidratan y luego se retiran con maquinaria a través de un acceso demarcado. El jarillón que separa las quebradas del humedal no será intervenido, por lo cual se eliminará el sedimento del costado opuesto y habrá reposición de la vegetación que se requiera intervenir.
Este proyecto, el cual esta en proceso de diseño y de consecución de permisos de parte de la SDA, se realizará en el sector tres del humedal, hacia los barrios Pontevedra y San Nicolás y contará con el seguimiento permanente del equipo de veeduría y de la administración del humedal.