Cuatro especies de búho están registradas en el humedal de Córdoba, su permanencia se explica por la presencia de otras especies de aves, de pequeños mamíferos y de insectos, los cuales les sirven de alimento; así como también por la consolidación, en sus tres sectores, de un bosque muy variado con árboles nativos y exóticos.
No es fácil verlos por sus hábitos nocturnos, sin embargo, cuando se logra hacerlo se hallan en lo alto de algún árbol reposando. Por ejemplo, durante varios meses en el sector dos, un búho negro (Asio stigius), se posó en la misma Acacia, y muchos visitantes tuvimos el placer de observarlo en lo alto muy estático sobre una rama.
En el censo de aves acuáticas realizado en noviembre, la sorpresa fue encontrar dos polluelos del búho listado (Asio clamator, ver laprimera foto)) con uno de sus padres, en un árbol de Aliso, junto al sendero elevado del sector tres.
Los vigilantes y el administrador del humedal, han reportado que en la noche, se han cruzado con diferentes especies de búhos, muy activos, volando y cazando; entre ellos, el búho Currucutú (Megascops albogularis).
La lechuza ratonera (Tyto alba), es la cuarta especie registrada, la cual ya no es tan fácil de observar como hace quince años. El humedal de Córdoba es un refugio muy importante para la supervivencia de éstas aves rapaces, las cuales ayudan con el control de roedores e insectos.